位於希臘北部的艾加伊城王陵博物館（Museum of the Royal Tombs of Aigai）保存了馬其頓王室的多座陵墓，當中1號墓一直被認定是腓力二世的陵寢。墓中除了一具成年男子遺骸外，還發現有1名女子及至少1名嬰兒的遺骨。然而，最新放射性碳定年分析顯示，該對成年男女的生活時期介乎公元前388年至356年間，而腓力二世的生卒年為公元前382年至336年。根據牙齒分析，該男子死時年齡僅介於25至35歲之間，與腓力二世死於46歲的紀錄明顯不符。
研究人員指出，這項發現引發兩個重要問題：首先，1號墓內安葬者的真正身份為何？其次腓力二世的真正葬身之地又在哪裡？由於墓室壁畫與陪葬品顯示其主屬於貴族階級，推測可能是腓力二世統治前的馬其頓王室成員，但具體身份仍未確定。至於真正的腓力二世陵墓，學界部分人士將目光轉向2號墓。該墓葬有一具遭火化的成年男子遺骸，年齡估約40多歲，較接近腓力二世的死年與生理特徵。不過，研究團隊表示，2號墓並不在今次研究範圍之內，相關調查仍有待進一步確認。